Per ogni alternativa di bonifica viene calcolato un indice di sostenibilità come somma ponderata dei punteggi inerenti ad ogni dominio D (sociale, ambientale, economico).  Successivamente, l’indice viene normalizzato potendo assumere valori tra -100 e +100. Un punteggio positivo indica che l'alternativa conduce verso lo sviluppo sostenibile, ovvero effetti più positivi che negativi.
Punteggi e quantificazioni sono però associati ad alcune incertezze, dovute a mancanza di conoscenza (incertezza epistemica) e variabilità naturale (incertezza aleatoria). Inoltre, c’è da dire che un certo grado di soggettività è inevitabile. Per cui SCOPE consente anche di effettuare un’analisi di incertezza associata alla valutazione.